23 czerwca opublikowano rozporządzenie Komisji (WE) nr 883/2006 z 21 czerwca 2006 r. (Dziennik Urzędowy UE nr L 171) ustanawiające szczegółowe zasady stosowania rozporządzenia Rady (WE) nr 1290/2005 w odniesieniu do prowadzenia kont przez agencje płatnicze, deklaracji wydatków i dochodów oraz warunków zwrotu wydatków w ramach EFRG i EFRROW.
Weszło ono w życie 30 czerwca z zastosowaniem (z wyjątkiem art. 20) od 16 października 2006 r. w odniesieniu do wydatków i dochodów dotyczących 2007 r. Ma ono na celu usprawnienie kontroli wydatków i dochodów w rolnictwie. Określa szczegółowe warunki i zasady mające zastosowanie do podziału zarządzania wydatkami i dochodami Europejskiego Funduszu Rolniczego Gwarancji (EFRG) i Europejskiego Funduszu Rolniczego Rozwoju Obszarów Wiejskich (EFRROW), do prowadzenia kont i deklaracji wydatków i dochodów przez agencje płatnicze, jak również zwrotu przez Komisję wydatków na mocy rozporządzenia (WE) nr 1290/2005. Na państwa członkowskie nakłada ono określone obowiązki związane z księgowaniem poszczególnych pozycji, precyzyjnym rozróżnianiem obu funduszy, przestrzeganiem warunków zwrotu nieuzasadnionych wydatków, a także z dotrzymywaniem obowiązujących terminów.
