PAK działa w stolicy Pomorza już od początku swojego istnienia, czyli od 2014 roku. Pod koniec ubiegłego roku opublikowano jednak projekt ustawy, który zakładał przeniesienie siedziby agencji do Warszawy. W ocenie autorów przepisów miało to być usankcjonowanie stanu faktycznego, ponieważ większość etatów PAK dotyczy osób wykonujących pracę w siedzibie dotychczasowego Oddziału Terenowego w Warszawie. Zwrócono także uwagę na kwestie logistyczne, tj. konieczność stałej współpracy Agencji z ministerstwami i urzędami centralnymi, jak również utrzymywanie kontaktów międzynarodowych.
Jak informuje Radio Gdańsk, w tym tygodniu minister przedsiębiorczości i technologii Jadwiga Emilewicz poinformowała, że ostatecznie zrezygnowano z przeprowadzki. Jak wyjaśniła, wsłuchano się w głosy ekspertów, naukowców oraz lokalnych polityków, by nie zmieniać siedziby PAK. Zapowiedziała także wzmocnienie współpracy agencji z Gdańskim Parkiem Naukowo-Technologicznym oraz trójmiejskim środowiskiem naukowym.
Obecnie projekt nowelizacji ustawy o PAK jest procedowany w Sejmie.