Walka o lokalizację biura tej agencji trwała 2006 roku. Za stolicą Czech głosowało 22 dyplomatów, a za konkurencyjnym holenderskim Noordwijk – czterech. Decyzję tę musza jeszcze formalnie zaakceptować ministrowie spraw zagranicznych krajów UE, co ma nastąpić w tym tygodniu.
Siedziba GSA będzie mieściła się w dzielnicy Holešovice w dawnej siedzibie agencji CKA (Česká konsolidační agentura). Jak podkreśla w swoim komunikacie Czeska Agencja Informacyjna (ČKT), decyzja ta ma przede wszystkim charakter prestiżowy, a nie finansowy. Przez pierwsze 5 lat GSA będzie bowiem płacić za wynajem pomieszczeń symboliczne euro, a później – 75% ceny rynkowej. Poza etatami dla administratorów i obsługi technicznej budynku, dla Czechów nie przewidziano także nowych miejsc pracy.
Przeprowadzka GSA z Brukseli do nowej siedziby ma zająć najwyżej dwa lata.