Aplikację wzbogacono o funkcję Template Matching, która rozszerza metody klasyfikacji obiektów o technologię computer vision. Za jej pomocą użytkownik wskazuje na zdjęciu interesujący go obiekt, tworzy na jego podstawie szablon obiektu, a następnie specjalny algorytm wyszukuje ma jego podstawie inne obiekty tej kategorii. Według zapewnień producenta narzędzie to sprawdza się m.in. w wyszukiwaniu koron drzew.
Pozostałe nowości w eCognition 9 to m.in.: obsługa plików JPEG2000, moduł Point Cloud Viewer do wizualizacji chmur punktów oraz natywna obsługa wektorowych danych przestrzennych.