W „Raporcie otwarcia” opublikowanym właśnie przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi odnotowano opóźnienia, jakie wynikły przy płatnościach bezpośrednich, oraz niezakończenie do chwili obecnej kontroli na miejscu za 2005 r.
Jako powody trudności z kontrolą na miejscu wymieniono m.in.
-brak pokrycia ortofotomapą powierzchni całego kraju, co według ministerstwa spowodowane było „nienależytym wykonaniem obowiązków umownych przez jednego z wykonawców” – firmę Eurosense z Nadarzyna,
-niewywiązanie się z realizacji przetargu na kontrolę na miejscu przez jednego z wykonawców – firmę Computerland S.A.,
-zawodność funkcjonującego w ARIMR systemu informatycznego.
W raporcie wskazano również na problemy w funkcjonowaniu samego Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi, w szczególności Departamentu Gospodarki Ziemią. W jego gestii leżą bowiem sprawy związane z rewindykacją nieruchomości, do których zalicza się m.in. rozpatrywanie wniosków, skarg i odwołań na decyzje o przejęciu na własność Skarbu Państwa nieruchomości rolnych z różnych tytułów prawnych, jak również na decyzje o ustanowieniu przymusowego zarządu państwowego nad zakładami przetwórstwa rolno-spożywczego oraz na decyzje o przejęciu tych zakładów na własność Skarbu Państwa. Departament ma olbrzymie zaległości w rozpatrywaniu tych spraw. W chwili obecnej na rozwiązanie oczekują 1952 takie przypadki. Skutkuje to m.in. przegranymi przez ministerstwo procesami przed Naczelnym Sądem Administracyjnym i skargami składanymi do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w Strasburgu.