Zastąpił on na tym stanowisku Szczepana Majewskiego, który piastował je od roku 1997.
Rafał Kanecki jest absolwentem Wojskowej Akademii Technicznej w Warszawie (jednolite studia magisterskie na Wydziale Inżynierii, Chemii i Fizyki Technicznej – specjalność geodezja) oraz Europejskiej Wyższej Szkoły Prawa i Administracji w Warszawie (jednolite studia magisterskie na kierunku prawo).
Ponadto ukończył studia podyplomowe w Wojskowej Akademii Technicznej (Organizacja i Zarządzanie) oraz w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Administracja i Finanse Publiczne).
Praktykę zawodową zdobywał w Oddziale Zabezpieczenia Topograficznego, Wojskowym Ośrodku Geodezji i Teledetekcji, Wojskowym Centrum Geograficznym oraz od 2007 r. w Głównym Urzędzie Geodezji i Kartografii w Departamencie Spraw Obronnych oraz Ochrony Informacji Niejawnych.