Martin Isenburg był absolwentem nauk komputerowych na Uniwersytecie w Darmstadt oraz Uniwersytecie Kolumbii Brytyjskiej. Doktorat – również w zakresie nauk komputerowych – obronił na Uniwersytecie Północnej Karoliny.
Jego najbardziej znanym dziełem jest oprogramowanie LAStools do przetwarzania chmur punktów. Od 2012 r. było ono rozwijane przez założoną przez niego firmę rapidlasso GmbH. Spółka ta wypuściła również takie aplikacje jak LASzip czy PulseWaves. Współpracował także z Głównym Urzędem Geodezji i Kartografii, modyfikując oprogramowanie na jego potrzeby.
Isenburg był mocno zaangażowany w rozwijanie standardu zapisu chmury punktów LAS oraz jego skompresowanej wersji LAZ. Aktywnie działał ponadto na rzecz uwalniania państwowych rejestrów danych przestrzennych.