Jako że prace nad unijnym budżetem jeszcze trwają, nie jest przesądzone, ile pieniędzy trafi do Polski z unijnej kasy. Resort chce jednak wprowadzić wiele zmian do sposobu ich wydatkowania. Jak wyjaśnia „Gazecie Wyborczej” minister rozwoju regionalnego Elżbieta Bieńkowska, na pewno mniej pieniędzy trafi na budowę dróg i kolei. Na razie na ten cel idzie 38% dotacji, a w nowej perspektywie ma być „dużo mniej”. Cięcia dotkną także projekty związane z ochroną środowiska i wspieraniem efektywnego wykorzystania zasobów.
Na więcej pieniędzy mogą liczyć przede wszystkim przedsiębiorcy realizujący przedsięwzięcia badawczo-rozwojowe. Jak pisze „GW”, MRR szczególnie chce wspierać już nie kupowanie nowych technologii za granicą, ale tworzenie i wdrażanie ich w Polsce. Ponadto w nowej perspektywie rzadziej będzie można liczyć na granty, a częściej na pożyczki czy gwarancje kredytowe.
W dokumencie MRR zawarto również propozycję podziału kompetencji we wdrażaniu funduszy pomiędzy szczeblami centralnymi i regionalnymi. W latach 2014-20 zakres decentralizacji systemu wdrażania funduszy w Polsce będzie większy niż obecnie. Oznacza to, że relatywnie więcej środków do dyspozycji otrzymają samorządy wojewódzkie. Wciąż pozostaną jednak programy krajowe, z których dofinansowane będą mogły zostać m.in. projekty reform systemowych czy inwestycje infrastrukturalne o znaczeniu lub zasięgu krajowym.
Ostatecznym efektem prac nad dokumentem (rozłożonych na kilka miesięcy) będzie tzw. Umowa Partnerska Polski z Komisją Europejską. Jest to rodzaj kontraktu, w którym państwa członkowskie UE wskazują, w jaki sposób osiągną swoje cele rozwojowe przy pomocy funduszy Unii Europejskiej w obszarze polityki spójności, wspólnej polityki rolnej i rybołówstwa.