Wydanie 3.0 wzbogacono przede wszystkim o zestaw narzędzi do analiz hydrologicznych. Za ich pomocą można m.in. badać przebieg działów wodnych, tempo i kierunek spływu czy przebieg procesów akumulacji. Analizy te mogą być wykonywane zarówno na podstawie danych wektorowych, jak i rastrowych.
Spatial Analyst 3.0 jest kompatybilny z desktopowym pakietem SuperGIS Desktop 3.1.