Dwukrotnie – w latach 1981–1984 i 1987–1990 – pełnił funkcję dziekana Wydziału Geodezji Górniczej AGH w Krakowie. Następnie, w latach 1992–2012, był kierownikiem Katedry Informacji o Terenie AGH, która w 2007 r. została przekształcona w Katedrę Geomatyki.
W latach 1985–1991 przewodniczył Sekcji Geodezji Przemysłowej Komitetu Geodezji PAN.
W ostatnich latach związany był z Państwową Akademią Nauk Stosowanych w Jarosławiu.

Profesor Józef Czaja był autorem wielu oryginalnych publikacji naukowych z zakresu geodezji przemysłowej, informatyki, modeli statystycznych oraz metod wyceny nieruchomości i przedsiębiorstw, a także programów komputerowych do wyceny nieruchomości, środków trwałych i podmiotów gospodarczych. Posiadał uprawnienia zawodowe w zakresie szacowania nieruchomości.
Był promotorem kilkuset prac dyplomowych i kilkunastu rozpraw doktorskich.
Za liczne zasługi został uhonorowany Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Krzyżem Zasługi oraz Medalem Komisji Edukacji Narodowej.

Zmarł 15 czerwca 2024 r. w wieku 81 lat.

Źródło: WGGiIŚ AGH